WHOLE
GENOME
전체 게놈
Comparative Genome Map

신규 유전체와 이미 밝혀진 근연종 유전체를 비교하고 비교대상 유전체내의 synteny
영역을 확인하는 분석입니다.

Synteny block과 gene density를 같이 표시하여 두 유전체간의 유사성을 기반으로
structural variation 및 genome evolution등의 전체적인 경향을
확인할 수 있습니다.

Genome Browser

파이젠 Genome browser는 표준 유전체 annotation (genes, CDS, repeats) 및
사용자 정의 데이터를 (RNAseq, SNPs, SSRs, miRNA, lncRNA, methylation
data) visualization할 수 있는 환경을 구축하고, 통합적 정보에 기반한 유전체
해석을 구현 할 수 있는 맞춤형browser를 제공합니다.

Genome Circular Map

Eukaryotic, microbial genome 등의 연구에서 다양한 분석을 통해 생성된 gene,
repeat, synteny block, paralogous relation 등의 데이터를 가공하여 circular
형태로 visualization합니다.

각 유전체가 가지는 특이성을 전체적으로 확인할 수 있는 visualization tool입니다.

Variation Discovery / Genotyping

NGS 기반의 resequencing, RNAseq 및 genotyping-by-sequencing (GBS)
데이터를 이용하여 교배집단 또는 자연집단 내에 존재하는 유전적 변이를 genome-
wide하게 확보하고 이를 이용하여 농업적으로 유용한 질적형질 (QTLs) 탐지, sub-
population structure 분석, 고밀도 유전자지도 작성 및 분자 마커개발 등에 이용할
수 있는 분석입니다.

Repeats Analysis

식물 핵 유전체의 repeat elemments 의 분포 및 동정을 확인하여 종 간 변이 및
종 특이적 분자 마커 개발에 이용되는 분석입니다.
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EST-SSR/WGS-SSR

EST (expressed sequence tag) 및 WGS (whole genome sequencing)로 생산된
데이터를 이용하여 식물 종 내 microsatellite 동정으로 종 간 변이 확인 및 이를
활용한 종 특이적 마커 개발에 이용되는 분석입니다.

Proven Whole Genome Researches at PHYZEN

NO. TITLE YEAR JOURNAL
12 High-throughput development of polymorphic simple sequence repeat markers using two whole genome sequence data in Peucedanum japonicum 2017 Plant Breeding and Biotechnology
11 Elucidating the major hidden genomic components of the A, C, and AC genomes and their influence on Brassica evolution 2017 Scientific Reports
10 Diversity, distribution, and significance of transposable elements in the genome of the only selfing hermaphroditic vertebrate Kryptolebias marmoratus 2017 Scientific Reports
9 Young inversion with multiple linked QTLs under selection in a hybrid zone 2017 Nature Ecology & Evolution
8 Genotyping-by-sequencing map permits identification of clubroot resistance QTLs and revision of the reference genome assembly in cabbage (Brassica oleracea L.) 2016 DNA Research
7 An ultra-high-density bin map facilitates high-throughput QTL mapping of horticultural traits in pepper (Capsicum annuum) 2016 DNA Research
6 DNA transposon activity is associated with increased mutation rates in genes of rice and other grasses 2016 Nature Communications
5 Characterization of three active transposable elements recently inserted in three independent DFR-A alleles and one high-copy DNA transposon isolated from the Pink allele of the ANS gene in onion (Allium cepa L.) 2015 Molecular Genetics and Genomics
4 Identification of candidate genes associated with fertility restoration of cytoplasmic male-sterility in onion (Allium cepa L.) using a combination of bulked segregant analysis and RNA-seq 2015 Theoretical and Applied Genetics
3 Defining the genome structure of `Tongil' rice, an important cultivar in the Korean "Green Revolution" 2014 Rice
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