GENOMIC DATAMANAGEMENTSYSTEM 분석 시스템 구축
Genomic Data Management System

유전체 데이터를 쉽고 편리하게 활용할 수 있도록 도와주는 도구이며,
유전체 데이터에 대한 시각화(visualization)와 브라우징(browsing)을 가능하게 하는 그래픽 인터페이스 프로그램입니다.

다양한 고객 맞춤형 Visualization tools 개발을 통해 보다 나은 연구 분석 환경을 제공해 드립니다.

01
Chloroplast Browser
  • Browsing circular/linear chloroplast map
  • Detection and visualization of sequence variations
  • Comparison of major genes using chloroplast viewer
  • New chloroplast research tool to visualize NGS raw data
  • Display user sequences to chloroplast map using BLAST(blastn, tblastx)
  • Gene name search for convenient gene-to-gene navigation
02
GBS Browser

Variation discovery 파이프라인을 통해 생성된 SNP, genotype 데이터를 표준
유전체 정보와 연동하여 시각화함으로써 집단내 SNP 정보와 관련 유전자의 기능을
동시에 추정할 수 있는 효율적 연구 환경을 제공합니다.

[Function]

  • Display genes, markers, SNPs
  • Filtering individual samples/SNP data
  • Sort by genotypes/individuals
  • Gene/marker query
  • Export output to Excel or text file format
03
Chromosome Viewer

Sequence 기반의 genetic marker를 기반으로 표준 유전체와 연동하여
chromosome 상에 마커 정보를 가시화합니다.
Genetic distance와 physical distance의 ratio를 추정하여 chromosome상에서
recombination이 일어나는 경향에 대한 정보를 제공합니다.

[Function]

  • Recombination cold spot/hot spot analysis
  • Genetic vs. physical distance ratio
  • Linear/circular chromosome view
  • Export image files (pdf/jpeg)
04
Karyotype Map

사용자의 sequence data를 BLAST 기반으로 표준 유전체와 비교하여
유사 sequence의 위치, copy number, paralogous gene 등을
분석하고 그 결과를 가시화하는 tool입니다.

[Function]

  • User sequence upload
  • Sequence alignment against genome database
  • Graphical display of BLAST output
  • Export output files (pdf/jpeg)
05
Comparative Map

둘 이상의 sequence를 서로 비교하여 homologous 지역, 유전자, repeat 등의
정보를 가시화하며 structural variation, draft contig order/orientation,
paralogs, orthologs 등의 분석을 효율적으로 할 수 있는 tool입니다.

[Function]

  • User sequence upload
  • Sequence alignment against genome database
  • Graphical display of BLAST output
  • Export output files (pdf/jpeg)
06
Multiple Sequence
Alignment View (MuSA)

여러 개의 sequence를 alignment하고 homologous지역을
annotation정보와 함께 보여주는 tool입니다.

[Function]

  • Maximum 10 sequence comparisons
  • Search engine selection (BlastZ and nucmer)
  • Export image file
07
SNP Browser

Annotation된 genome에서 SNP정보를 보여주는 tool입니다.
또한 더 나은 SNP 선별을 위해 다양한 built-in-filtering옵션이 있으며
SNP based marker 개발에 이용됩니다.

[Function]

  • SNP filtering options
  • Selected sample view
  • Gene information include
08
Tree structure display

메타 게놈 분석 및 종의 분류체계 정리에
효율적인 interface tool입니다.

[Function]

  • Species classification for metagenome or endophytes
  • Efficient management interface for user data
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